1、办公室。负责机关日常运转工作。承担文电档案、信息、安全保密、政务公开、文明创建、综合治理、行风热线等管理工作，负责机关重要会议的组织安排。组织督查、建议提案办理、公务接待、机关物资采购等工作。

　　2、综合科。承担中央、省生态环境保护督察的组织协调和中央、省生态环境保护督察铜陵市整改工作领导小组办公室日常工作。承担市环境保护委员会办公室、绿色发展办公室日常工作。对口办理省生态环境保护监察专员交办事项。

　　3、法规与标准科。组织本市生态环境保护综合性地方法规规章草案起草工作，承担机关有关规范性文件的合法性和重大事项法制审查工作，督促行政处罚查处分离工作，牵头开展行政处罚听证、机关行政复议与行政应诉等工作。督促并开展依法行政、普法与执法责任制工作。组织开展法治宣传教育，开展生态环境保护法制培训。监督生态环境政策、法规标准的执行。

　　4、科技外事与财务科。负责生态环境保护基础能力建设。会同市财政部门承担中央、省生态环境保护专项资金调配与监督管理工作，承担市生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作，拟订生态环境保护专项资金使用管理办法并监督执行。承担机关和所属事业单位财务、资产管理、内部审计工作。承担生态环境科技工作，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。参与处理涉外的生态环境事务。参与生态保护补偿工作。

　　5、自然生态保护科（核与辐射安全监管科）。组织起草生态保护规划，开展全市生态状况评估，指导生态示范创建。承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。组织开展辐射环境监测，承担核与辐射事故应急处理工作，负责核技术利用项目、铀（钍）矿和伴生放射性矿、电磁辐射装置和设施、放射性物质运输的核安全、辐射安全和辐射环境保护、放射性污染治理的监督管理。

　　6、水生态环境科。负责全市地表水污染防治生态环境监管工作，拟订和监督实施市重点流域生态环境规划，编制水功能（环境）区划，建立和组织实施跨界水体断面水质考核制度，监督指导饮用水水源地生态环境保护工作，审批入河排污口设置。

　　7、大气环境科（应对气候变化科）。负责全市大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，建立对县区大气环境质量改善目标落实情况考核制度并实施，组织拟订重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。综合分析气候变化对经济社会发展的影响，牵头承担履行联合国气候变化框架公约相关工作，参与清洁发展工作。承担市节能减排及应对气候变化领导小组有关具体工作。

　　8、土壤生态环境科（固体废物与化学品科）。负责全市土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理。组织指导农村生态环境保护监督，指导农业面源污染治理工作。负责全市固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理，组织实施危险废物经营许可及固体废物跨省转移许可，组织落实危险废物出口标准、固体废物进口许可、有毒化学品进出口登记、新化学物质环境管理登记等环境管理制度。组织开展固体废物和化学品管理规范化检查。参与我市固体废物案件查处及污染赔偿和生态修复工作。

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　　9、环境影响评价与排放管理科（行政许可服务科）。负责本市生态环境保护政务服务事项的统一组织管理协调，实施生态环境保护许可事项的政务服务工作。承担规划、政策、项目环境影响评价工作，承担排污许可和污染物排放总量控制综合协调和管理工作，拟订生态环境准入清单、政务服务清单并组织实施。组织实施建设项目环境保护设施同时设计、同时施工、同时投产使用制度。承担本部门职责范围内行政审批事项的办理与组织协调工作。

　　10、生态环境监测科。组织开展生态环境监测，指导重点企业开展污染源自行监测工作，规范管理社会生态环境监测资源。指导环境信息化建设，组织开展企业环境信用等级评定工作。承担生态环境统计工作。组织起草生态环境规划和计划，组织编制环境功能区划，协调和审核生态环境专项规划。

　　11、机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。承担机关和所属单位的人事管理、机构编制、队伍建设、干部建设等工作，负责机关离退休干部工作。